Sichtbar sind heute nur noch einige wenige wiederaufgestellte Steine, Reste der neoromanischen Trauerhalle, der Friedhofsmauer und des Wohnhauses der Friedhofsgärtner. Zum Gedenken an die drei wichtigsten Rabbiner der jüdischen Gemeinde von Frankfurt (Oder) Sacharaa Mendel von Podheitz, Joseph ben Meir Theo mim und Jehuda Löb Margaliot wurden 2004 drei Steine neu aufgestellt. Das Grab des weltweit bekannten Rabbiner Theomim, auch Pri Megadim genannt, ist seitdem wieder das Ziel jährlicher Pilgerreisen von orthodoxen Juden. Nach der Pogromnacht 1938 konnten aus der ausgebrannten Frankfurter Synagoge Gebetsbücher und andere Utensilien gerettet werden. Der nichtjüdische Friedhofsgärtner Otto Billerbeck begrub sie nach jüdischem Brauch auf diesem Friedhof.
Die letzte offizielle jüdische Beerdigung fand 1944 statt. Die Verwaltung des jüdischen Friedhofes von Słubice liegt seit 2007 in den Händen der Warschauer Stiftung zum Schutz des jüdischen Erbes.